视频显微镜在工农业和科研各部门有着广泛的应用。根据实际使用情况常见的故障有：视场较模糊或有脏物，可能的原因有标本上有脏物，目镜表面有脏物，物镜表面有脏物，工作板表面有脏物。可根据实际情况采取清洁标本，目镜，物镜和工作板表面的脏物解决。
双像不重合可能的原因为瞳距调节不正确可采取修正瞳距的措施，双像不重合也可能是视度调节不正确可采取重新进行视度调节，还有可能是左右目镜倍率不同可检查目镜并重新安装相同倍率的目镜。
如果是图像不清晰可能是物镜表面有脏物请清洁物镜。如果变焦时图像不清晰有可能是视度调整不正确和调焦不正确，可重新进行视度调节和调焦。若发生灯泡经常烧掉和灯光闪烁不定的情况时，则也许是当地的线电压太高，灯泡快烧坏了和电线连接不良，请仔细检查电压和显微镜的电线连接情况是否牢固，如不是则可能是灯泡快烧坏了可重新更换灯泡解决。
视频显微镜的放大倍率具有超高的连续可调的功能，其变焦能力也具有可连续调节，测量时可通过视频显微镜上搭配的图像采集软件，收集显示屏或计算机上观察到的一定放大倍数的图像，再利用搭配的图像分析软件直接对放大图像直接进行三维定量测量，并在图像上直接叠加测量标记。视频显微镜主要是透过显示屏来观察的，与常规的光学显微镜用双目观察不同，视频显微镜的实际放大倍数的计算方法也不同。
